根据中央编办《关于交通运输部有关职责和机构编制调整的通知》（中央编办[2013]133号）和省人民政府办公厅《关于印发省发展和改革委员会等4部门职责和机构编制调整方案的通知》（甘政办发[2014]151号）精神，厅机关内设机构12个，分别是：办公室、政策法规处、综合规划处、财务资产管理处、人事劳资处、公路管理处、综合运输处（出租汽车行业指导办公室）、安全监督处、技术处、审计处、离退休人员工作处、交通战备办公室（省国防动员委员会交通战备办公室）。    

    厅直机关党委、驻厅纪检组（监察室）、省交通工会工作委员会（参照公务员管理事业单位）按有关规定设置，另省治理公路“三乱”办公室在厅设置。根据省编委甘机编发[2012]61号文件精神，省交通运输厅加挂省民航机场管理局牌子。